Ime Anej izhaja iz starorimskega rodbinskega imena Annaeus, to pa najverjetneje iz stare grščine: áneo, 'molčeč, tih'. Nekateri razlagajo tudi iz grške besede 'aine' v pomenu 'pohvala'. V Sloveniji izvira iz Koroške, v romanu Jamnica (1945) ter črtici Nagrada (1949) ga je uporabil Lovro Kuhar, slovenski pisatelj, ki je deloval pod psevdonimom Prežihov Voranc. 

Ime Anej je postalo v Sloveniji prepoznavno v 80. letih. Najsiloviteje je uporaba tega imena zrasla okrog leta 2000. Največ Anejev pa se je rodilo leta 2007, od takrat priljubljenost tega imena postopoma upada. To ime ima naglas na 'e', nekateri pa ga smatrajo tudi za moško različico imen Ana in Anja.

Različice tega imena so še: Hanej, Anejc, Anjan, An. 

Po podatkih Sursa je število prebivalcev Slovenije z imenom Anej 2.150. To ime je po pogostnosti med moškimi imeni na 112. mestu, med vsemi imeni pa na 238. mestu. Največ prebivalcev, in sicer 645, z imenom Anej živi v podravski statistični regiji. Po pogostnosti je najvišje rangirano na Koroškem.