Joaquin Phoenix je bil rojen 28. oktobra leta 1974 v San Franciscu, očetu Johnu Lee Bottomu in materi Arlyn "Heart" Bottom. Poleg Joaquina so se jima rodili še štije otroci, sin River ter hčere Rain, Liberty in Summer. V zgodnjih letih se je par pridružil kultu Božji otroci (Children of God), za katerega se je potem razkrilo, da so spolno zlorabili otroke in ženske silili v odnose z različnimi moškimi. Družina je takrat živela v barakarskem naselju, polnem podgan, ki ni imelo stranišča. Ko je bil Joaquin star tri leta, sta starša John in Aryln skupaj z otroki zapustila kult in se preselila na obrobje Caracasa. 

Otroci so bili zaradi revščine in pomanjkanja prisiljeni postati ulični nastopači, da so preživeli družino. Po besedah biografa Riverja Phoenixa so Joaquin in sestre peli na uličnih vogalih za drobiž. "Če tistega dne domov niso prinesli dovolj drobiža, družina ni jedla," je biograf povedal za NPR. 

Pozneje je Joaquinov brat River razkril, da so ga pripadniki kulta skupaj z ostalimi otroki že pri štirih letih starosti silili v spolne odnose z otroki in odraslimi. River je tovrstne zlorabe poskušal potlačiti in živeti kar se da normalno življenje. Tako kot Joaquin je tudi sam postal filmski igralec, a demoni s katerimi se je spopadal, so bili močnejši. Pri rosnih 23-letih je umrl zaradi predoziranja z drogo. Z njim je bil takrat komaj 19-letni brat Jouaqin, ki se je težko spopadel z bratovo smrtjo. 

V otroštvu so ga zasmehovali zaradi brazgotine na ustnici 

Joaquinova zloglasna brazgotina, ki se nahaja na njegovi zgornji ustnici, je bila vir posmehovanja vrstnikov. Joaquin se je rodil z mikroformno špranjo, blago obliko razcepljene ustnice, ki je videti kot brazgotina. Igralec naj bi v intervjujih izjavil, da je bila brazgotina "božje dejanje" in da je njegova mati, ko je bila noseča, nekega dne začutila ostro bolečino, zaradi česar se je rodil z znamenjem na ustnici.

V intervjuju leta 1995 je dejal: "Ko je bila moja mama noseča z menoj, je bila v viseči mreži na plaži in naenkrat je dobila te močne bolečine in počutila se je, kot da je to povzročila neka sila, Bog ali karkoli drugega. Potem sem bil rojen z brazgotino nad ustnico."

Obstaja več različnih vrst razpok, ki se večinoma začnejo razvijati zelo zgodaj v nosečnosti, vendar se razpoka v mikro obliki razvije kasneje. To stanje je zelo redko in se pojavi le pri 0,06 od vsakih 10.000 živorojenih otrok. 

Joaquina so v otroštvu in mladosti mnogokrat zasmehovali zaradi vidne brazgotine in njegova mama je vedno morala odgovarjati na vprašanja o brazgotini, a to ni preprečilo njegovega vzpona med zvezde, kjer je nagrajeni igralec znova in znova dokazoval svojo vsestranskost. V eni izmed pogovornih oddaj se je njegovi brazgotini posmehovala celo voditeljica Wendy Williams, a je svoje dejanje kmalu obžalovala in občinstvo je od nje zahtevalo javno opravičilo, kar so naposled tudi dosegli. 

Danes srečen in uspešen filmski igralec 

Joaquin je po številnih izjemnih vlogah in filmih v zasebnem življenju uspešno osnoval družino skupaj z eno najlepših in ravno tako uspešnih igralk, ženo Rooney Mara Phoenix, s katero sta skupaj zaigrala v več filmih. Pred kratkim sta se razveselila sina, ki sta ga poimenovala River, po igralčevem pokojnem bratu. Joaquin se te dni mudi na promociji svojega najnovejšega filma, Joker, ki ga je posnel skupaj s talentirano Lady Gaga.