V klimatski napravi se lahko razvijejo različni mikroorganizmi in plesni, če je pravilno ne vzdržujemo oz. jo zanemarimo. Ti mikroorganizmi oz. plesni lahko povzročijo bolezni ali pa tudi poslabšanje določenih bolezni, predvsem bolezni dihal, kot na primer astme. Ob uporabi klime lahko pride tudi do imunskega odziva na delce, imenovanega hipersenzitivni pnevmonitis.

Sicer se zaradi klime ne moremo prehladiti, saj je za prehlad potreben virus. Je pa res, da nekateri ljudje, ki se zadržujejo v stavbah, kjer ni drugačnega prezračevanja kot klimatsko, navajajo različne nespecifične sindrome, kot so glavoboli, bolečine v mišicah, pekoče oči, suho žrelo. Ti simptomi so značilni za "sindrom bolnih stavb", za katerega ni točno jasno, kaj ga povzroča, lahko tudi skupek različnih dejavnikov.

Klimatskih naprav ni priporočljivo namestiti tako, da pihajo neposredno v telo, saj večini ljudi to ne ustreza. Skupine, pri katerih je treba posebej paziti na pravilno uporabo klime, pa so majhni otroci, starejši in bolniki.

Na telo tudi vplivajo večji toplotni prehodi iz ohlajenega prostora v zunanje, poleti razgreto okolje. Vse velike nenadne spremembe na telo vplivajo kot stres. Koliko bodo vplivale nanj, pa je po pojasnilih strokovnjakov odvisno od stanja organizma ter psihične naravnanosti.

Idealno temperaturo zraka za človeka je težko opredeliti, saj je različna od vsakega posameznika. Obstajajo pa kriteriji, ki veljajo za večino ljudi. Pravilnik o prezračevanju in klimatizaciji stavb določa parametre za toplotno ugodje sedeče osebe v bivalnem prostoru. Tako določa, da naj bo temperatura zraka med 22 in 26 stopinj Celzija, priporočljivo je med 23 do 25 stopinj Celzija. V stanovanjskih prostorih je priporočljiva relativna vlažnost zraka pod 60 odstotkov, kar zmanjšuje rast alergenih in patogenih organizmov. Priporočena srednja hitrost zraka pa naj bo 0,2 metra na sekundo, torej da klima ne piha preveč.

Klimatsko napravo je treba primerno namestiti in vzdrževati tudi v avtomobilih. Avtomobil je priporočljivo pred uporabo ohladiti in prezračiti. Pred prihodom na cilj je pa treba postopno zmanjševati delovanje klime, s čimer lahko olajšamo prehod.